Спустя два года после событий первой части создательница М3ГАН Джемма стала рьяным сторонником государственного надзора за ИИ. Между тем, ее племянница Кэди, которой уже исполнилось четырнадцать лет, не в восторге от гиперопеки и слишком строгих правил своей тети. Но самое страшное начинается, когда прототип М3ГАН оказывается не тех в руках. Технологию используют для создания опаснейшего оружия - робота-киллера по имени Амелия. В результате М3ГАН 2.0 вбирает в себя все худшее, что может представлять собой ИИ, и освобождается из-под всякого контроля. На кону оказывается будущее всего человечества.